Bonifacio est une commune française située dans le département de la Corse-du-Sud en région Corse.
Elle appartient à la microrégion du Freto, qui occupe l’extrémité méridionale de l’île.
Située à l’extrême sud de la Corse, elle est la commune française la plus méridionale de la France
Métropolitaine . Au sud, les Bouches de Bonifacio séparent la Corse de la Sardaigne italienne.
Elle constitue après Porto-Vecchio la deuxième agglomération du Freto, microrégion s’étendant depuis Bonifacio jusqu’à Conca au nord et Monacia-d’Aullène à l’ouest en passant par Figari et son aéroport.
La ville comporte un port et une citadelle. Celle-ci est établie sur un cap dominant la mer par une falaise qui est une « veine » de calcaire, roche assez rare en Corse dont le sol est plutôt granitique. Ce cap est long de 1 600 mètres et large de 100 mètres.
Son arrière-pays, le Piali, autrefois importante terre agricole, est connu pour ses baracun (mot issu du dialecte bonifacien), constructions en pierres sèches apparentées aux bories provençales.